A vigília da Capela do Rato teve início no dia 30 de dezembro de 1972. O grupo de católicos que a preparou anunciou, no final da missa de sábado à tarde, a sua realização e apelou aos presentes para se associarem à iniciativa, permanecendo no local, sede da Juventude Escolar Católica, para procederem à divulgação e para contribuírem para a promoção da paz.

No dia seguinte, domingo, foram distribuídos papéis às portas das igrejas de Lisboa e na margem sul do Tejo a apelar à presença e à participação na reflexão conjunta que decorria na Capela do Rato sobre a Guerra Colonial e sobre as formas de obtenção da paz. Denunciar as injustiças, romper o silêncio sobre o curso da guerra em Angola, Guiné e Moçambique e lutar pela paz eram objetivos declarados. A greve de fome expressava solidariedade com as vítimas da guerra. Apelava-se ainda à promoção de iniciativas com as mesmas finalidades.

Na tarde de domingo, as Brigadas Revolucionárias faziam rebentar petardos em vários pontos de Lisboa, e também no Barreiro e no Seixal, com panfletos a anunciar a greve de fome de cristãos contra a Guerra Colonial e a apelar aos trabalhadores para se juntarem à iniciativa que decorria na Capela do Rato.

Lida por Maria da Conceição Moita, no final da missa de sábado, 30 de dezembro de 1972, a mensagem inicial da vigília da Capela do Rato continha os objetivos da sua realização: debater em liberdade o problema da Guerra Colonial e as causas da impossibilidade da paz em Portugal desde 1961. Fazia-se eco da mensagem de Paulo VI para o Dia Mundial da Paz: “A Paz é possível”. Quebrar o silêncio em torno da guerra era um dos apelos finais.

Nos dias 30 e 31 de dezembro, as moções aprovadas pelos presentes repudiavam a continuação da Guerra Colonial, enquanto prática de terror e de genocídio de populações locais. Denunciavam a repressão sobre jovens e trabalhadores que protestavam contra a guerra e protestavam veementemente contra o silêncio dos bispos portugueses sobre a guerra.

Os cartazes afixados nas paredes da Capela do Rato registavam ideias centrais da mensagem inicial e das moções: debate entre cristãos e não cristãos sobre os problemas causados pela Guerra Colonial; greve da fome em solidariedade com as suas vítimas; protesto contra o silêncio dos bispos portugueses sobre as guerras em África.

Como fora anunciado no sábado, dia 30 de dezembro de 1972, a vigília da Capela do Rato, incluindo a greve de fome de alguns dos presentes, deveria prolongar-se até 1 de janeiro pelas 13:00. Contudo, a Polícia de Segurança Pública irrompeu pela Capela ao início da noite de domingo, procedendo à detenção de 74 dos presentes no local.
As detenções foram efetuadas após a fixação de um prazo de dez minutos para que os presentes abandonassem o local. Segundo o auto de captura, tratava-se de uma vigília não autorizada e denominada greve de fome contra a Guerra Colonial. Foram apreendidos cartazes e panfletos que condenavam atos de violência e a guerra. Ainda no referido auto, são identificados os organizadores e é destacada a postura de Francisco Pereira de Moura, em “manifesta desobediência à ordem dada” e a “encorajar” os demais a não abandonar o local.

Após a detenção e identificação de participantes na vigília da Capela do Rato, a Polícia de Segurança Pública enviou os que considerava serem os responsáveis para a Direção-Geral de Segurança.

A polícia política também viria a deter e a interrogar mais elementos relacionados com a comunidade do Rato, casos dos Padres Armindo Garcia, António Janela e Alberto Neto.
Entretanto, o Conselho de Ministros, presidido por Marcelo Caetano, deliberou a demissão ou rescisão dos contratos de funcionários públicos ou administrativos detidos na Capela do Rato. Após confirmação da deliberação, foi elaborado o recurso para o Supremo Tribunal Administrativo.